Изнурительная Война клонов почти завершена полным разгромом сепаратистов. Однако после похищения канцлера Палпатином и обвинения рыцарей-джедаев в мятеже последовал шокирующий «Приказ 66» об истреблении всех оставшихся представителей Ордена. Некоторые клонов не подчинились этому приказу. Так возник специальный отряд, известный как Клон Форс 99, или по прозвищу "Бракованная Партия". Участники отряда, Охотник, Техник, Прицельщик и Вредитель, получили уникальные генетические модификации, которые отличают их от остальных клонов внешне и способностями.

Отрядом, возглавляемым сержантом Хантером с временным командованием капитана Рекса из 501-го легиона, вдохновлено имя уродливого, но важного солдата-клона 99, игравшего ключевую роль на Камино, планете-центре клонирования. Он отличался от других по внешности, но был незаменим в обороне планеты от атак сепаратистов. Теперь главным героям предстоит найти свое место в Галактике и повлиять на установленные порядки благодаря их уникальным способностям и единственности каждого из участников этого экспериментального отряда.