История мультсериала «Звездные войны: Бракованная партия» началась с того, что изнурительная война клонов почти завершилась разгромом сепаратистов. После того, как канцлер Палпатин был похищен и обвинил рыцарей-джедаев в мятеже, он издал шокирующий приказ № 66 об истреблении всех оставшихся в живых представителей ордена. Заручившись поддержкой клонов, он провел реорганизацию Республики в галактическую Империю, возглавив её.

В мире, окутанном хаосом, только элитная группа воинов-клонов, известных как «Бракованная партия», сохраняла критическое мышление. Последствия сбоя в чипах привели к тому, что Охотник, Крушила, Эхо, Тех и Прицельщик начали испытывать человеческие эмоции, сомнения и даже сострадание к гражданскому населению.

Внутри отряда начались разногласия, так как не все соглашались с жесткой политикой командира. Оставшимся воинам пришлось выбрать свою сторону и разобраться в истинных планах Империи. Отряд 99, составленный из генно-модифицированных клонов, встал на путь сопротивления против Империи, готовясь бороться до конца.

Империи также присоединилась девочка-клон по имени Омега, работающая фельдшером на Камино. Она, подобно отряду 99, отличается от стандартных клонов и чувствует глубокое родство с этой необычной командой. Вместе им предстоит столкнуться с трудностями и раскрывать тайны, погружаясь в эпическое приключение борьбы за свободу и правду в галактике.