Сюжет мультсериала разворачивается в уникальной вселенной Звездных войн, где действия сосредоточены вокруг особого отряда элитных клонов с генетическими мутациями, ведомого под названием "Бракованная партия". Каждый из солдат-клонов обладает уникальной способностью, обусловленной ошибкой при их создании. После окончания Войн клонов, они принимают на себя смелые миссии наёмников в изменённом мире. Группа таких генетически дефектных клонов включает в себя лидера по имени Хантер, полудроида под псевдонимом Эхо, выдающегося умника Теха и мастера оружия по имени Кроссхаир. Всей этой командой управляет капитан Рекс.

Возвращаясь на Камино с намерением осмыслить и оценить положение дел, Бракованная партия обнаруживает, что Галактическая Империя начала поглощать всё больше власти. Адмирал Таркин задумывается над прерыванием контракта с каминоанцами для создания новых клонов. Заразившись сомнениями, Хантер начинает подозревать измены и разочарование в своей верности. При помощи уникальных навыков Теха, команда выявляет важную информацию, используя доступ к секретным планам Империи через компьютерные системы. Также Хантер обращается за помощью к Омеге, молодому фельдшеру, тоже клону с генетическими изменениями, работающему на Камино под руководством Нала Се.

Омега, почувствовавшая кровное родство с членами Бракованной партии, мечтает присоединиться к ним в их приключениях. После переданной ей информации от Омеги, подозрения Хантера находят своё подтверждение, придавая событиям всё больше напряжения.